交通运输部正在研究改革港口管理体制，调整完善港口管理政策，体现市场化色彩。交通运输部科学研究院、中国港口协会等机构在为此进行调研后，认为现行港口规划和管理中主要存在三方面问题。一是港口规划建设存在问题。近10年来，中国港口建设仍然是粗放型。前些年中国外贸增长快，各地都在建设大港。近几年来经济形势变化，外贸增长放缓，内贸增长加快。内贸航运一般采用的船型较小，运输更为灵活，这导致一些大港不适应，造成资源浪费。二是港口管理体制存在问题。港口管理权由中央下放地方后，各地港口管理单位存在较大差异。例如，有的地方叫港口管理局、有的地方叫港口航运管理局或港口和口岸管理局；有的地方是在航运局下面设港口管理分局，有些是在交通局下设港口管理分局；有些港口管理机构为县级政府下设机构，有些则为市级政府下设机构。由此造成的人员编制也不一样，有的是公务员编制，有的是事业单位编制，还有的地方是企业编制。三是价格管理存在问题。目前对于内贸航运，港口收费相对灵活。而对于外贸航运，1997年交通部颁布了《中华人民共和国交通部港口收费规则（外贸部分）》，2001年对其进行了修订。其后十几年外贸收费规则基本没有发生过变化。近年来，物价水平快速上涨，油价和劳动力成本大幅提高，这给港口企业造成了较大压力。港口企业希望对价格管理方式进行调整的呼声很高。