3月31日，福建省交通运输厅发布公告称，自2012年4月1日起，福建省行政区划内原湄洲湾港的四个港区（肖厝港区、斗尾港区、秀屿港区、东吴港区）、泉州港的三个港区（泉州湾港区、深沪湾港区、围头湾港区）以及莆田港的兴化湾港区，合并组成湄洲湾港。原泉州市港口管理局、莆田市港口管理局及其相关机构相应并入福建省湄洲湾港口管理局。对此，很多人表示有上千年历史的泉州港就此改名为湄洲港，让人无法接受。因为从宋代开始泉州就是我国最著名的外贸港口，改革开放之后，这里继续发挥着港口的辐射带动作用。比较而言，湄洲港的名气就要小得多。表面上看只是名字问题，但实际情况远不只如此。据《第一财经日报》消息，知情人士称，“上周末，福建省政府也的确派人到泉州调查（泉州港更名）此事，不是调查群众的事，而是关门研究泉州港的合并问题。但还不敢面对群众和媒体”。并有一份题为《关于<深化湄洲湾（泉州－莆田）港口管理体制一体化方案>的反馈意见》的内部资料称，“对你厅（福建省交通运输厅）提出的以撤销泉州市港口管理局、莆田市港口管理局为主要内容的湄洲湾（泉州－莆田）港口管理体制一体化方案，从目前的实际情况看，我们认为是不适宜的。”泉州方面列举了六个方面的理由：泉州港是海内外知名的千年古港，古港品牌十分突出，理应保护；《方案》提出的港口管理机构设置方案不符合国务院关于港口管理体制改革的基本原则和方向；泉州港已发展成为具有一定影响力的区域性大港；《方案》提出的机构整合意见对湄洲湾南北岸港口整合后遗留问题的解决并没有实质性的助益；《方案》提出的机构整合意见不利于调动各方建设港口的积极性，不利于港口经济的培育和发展。显然，随着媒体的介入以及内部资料的公开，福建省港口的整合正在遭受不小的波折。